Kaisu Rantakokko-Jalava_Uudet tekniikat

27 pages
1 downs
14 views

Extension: PDF

Please download to get full document.

View again

of 27
All materials on our website are shared by users. If you have any questions about copyright issues, please report us to resolve them. We are always happy to assist you.
Share
Description
Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa Labquality Days 5.2.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks mikrobiologia ja genetiikka VSSHP – Tyks-Sapa-liikelaitos…
Transcript
Uudet tekniikat infektio- diagnostiikassa Labquality Days 5.2.2015 Kaisu Rantakokko-Jalava Tyks mikrobiologia ja genetiikka VSSHP – Tyks-Sapa-liikelaitos Uusia tuulia kl. mikrobiologiassa ã MALDI-TOF bakteerien tunnistamisessa ã Bakteeriviljelyjen osittainen korvautuminen muilla tutkimuksilla – virtsan partikkelilaskenta osana virtsaviljelyä – uusi bakteeriripulidiagnostiikka ã Helpot ja nopeat PCR-testit – Yksittäiset testit on-demand – Testipaneelit MALDI-TOF MS Matrix-assisted laser desorption/ionization – time of flight mass spectrometry ã”Proteiinisormenjälki” Tunnistus perustuu spektriin ã Tietokannassa ~5000 bakteeri- ja sienispektriä ã Tutkittavan kannan spektriä verrataan tietokantaan ja saadaan pisteet eli score (log 0-3) score 1.7 Ei luotettavaa tunnistusta 1.7 - 2.0 Tunnistus sukutasolle 2 Tunnistus lajitasolle Mitä MALDI-TOF on muuttanut? ã Bakteereille nimi n. 1 vrk aiemmin kuin ennen – anaerobeilla muutos jopa 3 vrk ã Sama tunnistusmenetelmä sopii lähes kaikille bakteereille – Erilaisten tunnistustestien määrä vähentynyt – Ei tarvita ennakkoarvausta – Saadaan paljon nimiä, joita ei ennen olisi saatu ã Kun tiedetään nimet heti, voidaan jatko- tutkimukset ja herkkyysmääritykset suunnata paremmin Dia marraskuulta 2012 Esimerkkinä veriviljely Gram-värjäys Identifikaatio Herkkyydet + Uudet mahdollisuudet Veriviljely Gram-värjäys Identifikaatio Herkkyydet + ID Maldilla 3-4 h maljakasvatuksen jälkeen Uusi Bactec (päivystyslaboratoriossa, 24/7 täyttö) ãPuolella potilaista ensimmäinen veriviljelypullo hälyttää ≤12 h inkuboinnin jälkeen MALDI-TOF varhaisesta kasvusta Bakteeri n Laji Suku Yht. (%) E. coli 82 80 1 81 (99%) Muut enterobakteerit 21 21 0 21 (100%) P. aeruginosa 4 3 0 3 (75%) S. aureus 39 30 5 35 (90%) Koag.negat. staf. 35 15 5 20 (57%) Β-hemol streptokokit 25 24 1 25 (100%) enterokokit 9 4 1 5 (55%) Gramnegatiiviset yht 111 106 2 108 (97%) Grampositiiviset yht 126 77 14 91 (72%) ECCMID 2014 P495, HUSLAB, ISLAB, Tykslab Partikkelilaskijan käyttö virtsatieinfektio- diagnostiikassa Uusissa malleissa (UF 500i Ihanteellisesta olisi, jos voitaisiin tai 1000i) on paranneltu nopeasti varmistaa VTI bakteerikanava verrattuna aikaisempiin malleihin ã Jos VTI voidaan luotettavasti poissulkea, voidaan vähentää ”turhien” viljelyjen määrää Virtsaviljelyt Seulonta bakteeri- ja leukosyytti- määrän mukaan ryhmittäin (N,M,L) Sarkkinen ym. SLL 2012 Oma aineisto (2011) ã 1123 potilasta, joista – 640 naisia – 416 miehiä – 67 lapsia ( 16v) ã Viljelypositiivisia 163 (14,5%) – (N 117, M 37, L 9) ã Viljelynegatiivisia 847 (75,4%) – (N 443, M 356, L 48) ã Sekakasvuja yms. 113 (10,1%) – (N 81, M 23, L 10) Seulonta bakt + leuk yhdistelmällä Ptryhmä Naiset Miehet Aikuiset Raja- Bakt 200 Bakt 75 Bakt 40 arvot Leuk 11 Leuk 37 Leuk 17 Herkkyys 95.7 % 91.9 % 94.8 % Tarkkuus 62.5 % 87.4 % 76.3 % NPV 98.4 % 99.0 % 98.5 % PPV 43.7 % 43.0 % 43.6 % VN* 0.78% 0.72 % 0.76 % Seul. neg 52 % 77 % 62 % *Laboratorio vastannut merkittävänä pidettyä kasvua. Oireinen infektio oli vain 2- 3:lla 8:sta vääräksi negatiiviseksi luokitellusta. Virtsaviljelyn tulkinnasta ã Tulkinta riippuu – Kasvavasta bakteerista/bakteereista – Näytteenottotavasta (plv, katetri, punktio…) – Rakkoajasta – Laboratoriosta ja lukijasta ã Bakteerilöydös ilman oireita EI ole vti ã Partikkelilaskennassa raja-arvot vs. ”liikkuva maali” Virtsaviljely Tykslabissa nyt U-BaktVi ã2 partikkelilaskijaa – Tyks, TKS näytteet ãN. 50% seulonta- negatiivisia (vastaus heti) ”Ohituskaista” ãViljellyistä n. puolet U-BaktEVi (erikoisviljely) ãLapset kasvaa; +sekakasvut ãHematologia ãSamat löydökset ãMuut leukosyyttipuutteiset? kuin 2012 Antibioottiripulin diagnostiikka F-CldiVi F-CldiTx ãKorvannut F- ãSuora toksiinin BaktVi2:n osoitus ulosteesta ãKasvavan kannan epäherkkä ( 70%) toksiinintuotto ãKorvattava varmistetaan PCR:llä – GDH + varmistus toksiinintuotosta – PCR l. toksiini- geenin osoitus suoraan ulosteesta GDH Cdiff seulontatestinä ã Soluseinäantigeeni, jota esiintyy sekä toksiinia tuottavissa että ei-tuottavissa kannoissa (ja C. sordelliissa) – Herkkyys 90% – Ribotyyppi 002 voi olla ongelma (Suomessa 6%) ã Testattu 257 näytettä GDH vs 2-3 PCR-testiä – Toksiinigeenipositiivisia oli yht. 73 – GDH löysi 71 (97%). ã ”Missatut” negatiivisia myös yhdellä PCR:llä, muilla myöhäinen Ct (siis heikkoja positiivisia) ã Toinen viljelynegatiivinen, toinen ei viljelty ã GDH-positiivisista 90% on toksiinigeenipositiivisia Tykslabin uusi C. difficile -seulonta GDH Vidaksella - + Seulonta negat PCR - + Seulonta Seulonta negat posit Vastaus Tulkinta Positiivinen Näytteessä on C. difficile, jonka kyky tuottaa toksiinia on varmistettu PCR:llä Negatiivinen Näytteessä ei todeta C. difficilen antigeenia tai Näytteessä on C. difficilen antigeeni, mutta kanta ei tuota toksiinia GenXpert C. difficile toksiini-PCR Markkinoilla helppoja PCR-testejä ãKohde toksiini B:tä koodaava geeni ãNäyte vorteksoidaan puskuriin, laite hoitaa loput ãTulos 1-2 tunnissa ãHerkkyys viljelyllä (kliinisesti?) Genomera BD Max Samoilla laitteilla esim. influenssaa, norovirusta, MRSA, klamydia… Mahdollistavat nopeat PCR-tutkimukset keskus- sairaalassa/jopa päivystysaikana Cldi seulonta vs. viljely (tx+) Seulonta pos Seulonta neg Yht Viljely pos, tx pos 155 16 171 Viljely neg 28 999 1027 1198 ã Seulonta (GDH+ toxB-PCR) os:lla 938 ã F-CldiVi os:lla 906, eristetyistä kannoista toksiini-PCR (toxA, toxB, säätelygeenin deleetio) ã Seulonnan herkkyys 91%, spesifisyys 97% ã 7/16 missatussa GDH pos /toxB-PCR neg – GDH:n herkkyys 95% Helpot PCR-laitteet jatkuu Xpert -kasetti GeneXpert -laite GeneXpert Testivalikoima ã MRSA ã Str. agalactiae – kannan varmistaminen – vaginanäytteestä – veriviljelypullot, joissa synnyttäjältä värj stafylokokkia ã Enterovirus – suoraan näytteestä – Likvorista tietyin varauksin ã Influenssavirukset ã VRE – A / A H1N1 / B – kannan varmistaminen ã C. difficile toksiini ã Carba – Tox B / binaaritx /”027” – kannan varmistaminen – Mtb/rif Laajat paneelit päivystyksenä? ã Hematologisten potilaiden respiratoriset infektiot ã Tehopotilaiden illalla hälyttävät veriviljelyt ã Meningiitit/enkefaliitit Yhteenveto ã Mikrobiologiseen diagnostiikkaan on jo saatu ja tulossa uutta teknologiaa, joiden avulla vastauksia voidaan nopeuttaa ã Usein kallista, hyödyn arviointi ã Hyödyntäminen voi vaatia työtapojen ja työnjaon uudistamista – Mikrobiologian laboratorio ja sen aukioloajat – Muutenkin päivystävä laboratorio – Vieritestaus KIITOKSET
We Need Your Support
Thank you for visiting our website and your interest in our free products and services. We are nonprofit website to share and download documents. To the running of this website, we need your help to support us.

Thanks to everyone for your continued support.

No, Thanks